Pada ulang tahunnya yang ke-14, Anna Akechi bertemu dengan peri ajaib dan tiba-tiba terlempar ke masa lalu dari tahun 2027 ke tahun 1999! Di sana, ia berteman dengan Mikuru, seorang gadis bersemangat yang bermimpi menjadi detektif. Ketika pencurian misterius memicu desas-desus tentang Phantom Thieves, keduanya berubah menjadi Detective Precure, menggunakan keberanian, deduksi, dan persahabatan untuk memecahkan kasus dan mengungkap rahasia perjalanan Anna melalui waktu.
